在治療灰指甲的過程中，雖然藥物能有效消除真菌感染，但也可能帶來一些副作用。例如，口服抗真菌藥物可能導致肝功能異常、消化不良或皮膚過敏等問題。因此，在使用這些藥物前，建議諮詢專業醫師，確保安全有效的治療方案。