無痛腸胃鏡檢查雖然被視為相對安全的程序，但仍然存在一定的風險。患者可能會經歷輕微的不適或過敏反應，甚至在極少數情況下出現出血或穿孔。因此，選擇經驗豐富的醫療團隊及充分了解檢查過程，將有助於降低潛在風險，確保檢查的安全性與有效性。